15 января 1995 года, 25 лет назад, в 10 микрорайоне Зеленограда состоялось освящение новой церкви, построенной и открытой в 1994 году недалеко от пруда «Водокачка» (Школьного озера). Храм был сооружён по проекту главного архитектора Зеленограда Игоря Александровича Покровского и его коллег по мастерской – Ю.А. Свердловского и М.К. Тарасенко. Он был выполнен из дерева в древнерусском стиле, так называемого «клетского» типа.

Торжественную церемонию освящения в честь ново канонизированного святителя Филарета провёл Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В 1827 году святитель Филарет (Дроздов) митрополит Московский благословил освятить Никольский храм во Ржавках, построенный из кирпича на месте первоначальной деревянной церкви. Сейчас это самое старое кирпичное здание на территории Зеленограда.

В газете «Сорок один» писали, что Патриарх прибыл к храму в 8.45 и ровно в 9 часов утра начали службу. Все желающие не смогли поместиться в храме, поэтому была организована трансляция на улицу – собралось очень много народу. В своём выступлении Патриарх отметил, что наша Никольская церковь была самым первым в Москве восстановленным храмом, а Филаретовская церковь самая маленькая церковь в Москве, но самая первая, построенная в столице в постсоветский период. Алексий II поблагодарил настоятеля Никольской церкви отца Владимира Харитонова, стараниями которого был возведён храм, а также часовня в исправительном учреждении, куда после богослужения отправился Патриарх.

Алексий II посетил часовню во имя новомученика святителя Владимира митрополита Киевского на территории Исправительно-трудовой колонии, а затем и Никольскую церковь у МЖК.

Летом 1999 года в Филаретовском храме вспыхнул пожар, но огонь удалось остановить, чудом сохранилась алтарная часть. Было принято решение восстановить храм на том же основании, сделав его более вместительным. Буквально в течение года храм был полностью восстановлен по новому проекту тех же авторов. В результате площадь храма увеличилась с 49 до 80 квадратных метров, соответственно увеличилась и вместимость до 200 человек.

В Музее Зеленограда сохранились предметы церковной утвари, найденные сотрудниками музея после пожара. Также в художественной коллекции музея хранятся работы зеленоградских художников, изобразивших церковь, как до пожара, так и после.